相比于全原子模型，粗粒度模型能够在更大的分子尺度和更长的时间尺度上研究模拟体系的动力学特性，这使得其很适合研究大分子系统。因此，在这项工作中，我们进行了多次μs级Martini粗粒度分子动力学模拟，以揭示严重急性呼吸综合征冠状病毒2受体结合域 (SARS-CoV-2 RBD) 与全长人血管紧张素转换酶2(ACE2) 之间的相互作用细节。我们的研究结果表明，结合界面两端的钳形结构在 SARS-CoV-2 RBD 与 ACE2 的结合过程中起关键作用。此外，我们还发现，当模拟系统中没有B0AT1时，ACE2的N端更容易接近细胞膜，这与病毒随后与细胞膜的融合有很强的相关性。 SARS-CoV-2 RBD 和 ACE2 PD 的这些结合细节以及膜取向热力学特性可以促进针对 SARS-CoV-2 的治疗药物和预防疫苗的开发。
该论文已在JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING在线发表：Baocai Ma, Zuoheng Zhang, Yan Li, Xubo Lin*, and Ning Gu*.Evaluate Interactions between SARS-CoV-2 RBD and Full-length ACE2 with Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations. JCIM, 2022, DOI: 10.1021/acs.jcim.1c01306.
